Neben den Aufgaben im Bereich des operativen und strategischen Medizincontrollings einer Universitätsklink ist Herr Dr. Pupkes in seiner Funktion als ärztlicher Qualitätsmanager Qualitätsbeauftragter für Transfusionsmedizin, sowie zudem hauptverantwortlich für die externe Qualitätssicherung der Gesamtklinik. Darüber hinaus ist er ärztlicher Leiter der Abteilung für physikalische Therapie in dieser Einrichtung.

Er besitzt langjährige praktische Erfahrung in allen Bereichen des Abrechnungs- und Forderungs-Managements, einschließlich Begleitung sozialgerichtlicher Verfahren. Zudem kümmert er sich um die Refinanzierung innovativer Behandlungsmethoden (NUB).
Herr Dr. Pupkes besitzt darüber hinaus langjährige Erfahrung als Referent auf dem Gebiet Medizincontrolling, und bietet u.a. diverse Spezialseminare zu Kodierung und Abrechnung an.